Anotar é diferente de editar
As anotações ficam em uma camada à parte do conteúdo. Por isso o texto original continua intacto, e cada marcação pode ser tratada separadamente por quem abrir o arquivo. Se o que você precisa é escrever informações no próprio documento, use editar PDF. E, para ver o que mudou entre duas versões, a ferramenta é comparar PDFs.